10x Genomics Visium HD gegen Xenium

10x GenomikFührt immer noch das Feld der räumlichen Transkript omik mit kontinuier lichen Innovationen an. Unter seinen Produkten,Visium HDUndXeniumHat a5000-gene Panel eingeführt, das die bildgebende Gen detektion optimiert.

Die Wahl der richtigen Plattform für Ihre Forschung kann eine Herausforderung sein. Dieser Artikel vergleicht Visium HD und Xeniumum Ihnen dabei zu helfen, die beste Passform basierend auf Ihren Studien zielen, Ihrem Beispiel typ und Ihrem Budget zu bestimmen.

Hoch auflösendes Erkennungs bild Beispiel (links: Visium HD, rechts: Xenium)

01. Technologie und Workflow

Beide Plattformen verwenden Sonden-Hybrid isierung zum Nachweis der Gen expression in Gewebes chnitten, unterscheiden sich jedoch in der Methodik und der Daten ausgabe.

• Visium HD: Erfasst RNA unter Verwendung von Sonden, die mit einem räumlich barco dierten Objektträger hybrid isiert sind. Dies ermöglicht die Sequenz ierung mit hohem Durchsatz, um genera tisch aufgelöste Gen expressions matrizen zu erzeugen.

• Xenium: Verwendet die fluor zierende In-situ-Hybrid isierung (FISH), wobei die rollende Kreis verstärkung die Signale verbessert. Mehrere Runden Offluoreszenz bildgebung und Decodingon-Xenium-Instrumente liefern Gen expressions daten mit hoher räumlicher Präzision.

Schlüssel unterschiede:

• Visium HD basiert auf Sequenz ierung und bietet eine breite transkript omische Abdeckung.

• Xeniumuses-Bildgebung ermöglicht eine schnellere und gezieltere Gen detektion.

Visium HD-Workflow-Diagramm

Xenium-Workflow-Diagramm

02. Sonden vergleich

Beide Plattformen basieren auf sonden basierter RNA-Erfassung, ihre Sonden designs und-anwendungen unterscheiden sich jedoch erheblich.

Sonden struktur:

• Visium HD: Sonden hybrid isieren an RNA und werden direkt auf dem Objektträger erfasst.

• Xenium: Verwendet ein Vorhänge schloss, das nach der Hybrid isierung zirkuliert und eine rollende Kreis verstärkung ermöglicht.

Sonden menge pro Gen:

• Visium HD: Die meisten Gene werden mit drei Sonden pro Gen nachgewiesen.

• Xenium: Verwendet 5-8 Sonden pro Gen (wobei die meisten Gene 8 Sonden verwenden), um eine höhere Spezifität und Empfindlichkeit sicher zustellen.

  
  

Sonden struktur diagramm

(Links: Visium HD Sonden struktur; Rechts: Xenium Sonden struktur)

Gen-Abdeckung:

• Xenium: Erkennt bis zu 5000 Gene, die durch Einschränkungen der Fluoreszenz bildgebung einges chränkt sind.

Anpassung:

• Visium HD: Beschränkt auf Mensch und Maus.

• Xenium: Unterstützt das kunden spezifische Sonden design für nicht menschliche/Maus-Spezies, sodass Forscher die Sonden auswahl anhand der Gewebe eigenschaften anpassen können.

03. Folien vergleich

Das Slide-Design spiegelt Unterschiede in den Erkennungs methoden wider.

• Visium HD: Zwei Proben rahmen mit jeweils 6,5mm × 6,5mm, bedeckt mit 2 μm × 2 μm räumlich mit Barcodierten Gittern.

• Xenium: Ein großer Proben rahmen (maximale Gewebe fläche: 10,45mm × 22,45mm) mit räumlichen Bezugspunkten.

  
  

Dia-Diagramm (links: Visium HD Slide; rechts: Xenium Slide)

Im Vergleich dazu ist Xenium besser geeignet für größere Gewebeproben oder mehrere Proben auf einem einzelnen Objektträger (z. B. Gewebe micro arrays).

04. Immun histo chemie (IHC) Kompatibilität

Beide Plattformen unterstützen die Integration mit H & E-oder IF-Färbung, jedoch mit unterschied lichen Workflows:

• Visium HD: Die Färbung wird vor der Sonden hybrid isierung und Sequenz ierung durchgeführt.

• Xenium: Die Färbung wird nach dem Xenium-Nachweis durchgeführt.

05. Proben kompatibilität

Beide unterstützen FFPE-und FF-Proben mit ähnlichen RNA-Qualitäts anforderungen.

• Xenium ist sehr empfindlich gegenüber Auto fluoreszenz, was die Signal detektion in Proben stören kann mit:

• Exogene fluor zierende Proteine

• Nekro tische Gewebe regionen

• Hämorrhagische Bereiche oder hoher RBC-Gehalt

Schlüssel zum Mitnehmen:

• Visium HD ist zuverlässiger für komplexe Proben mit potenziellen Auto fluoreszenz problemen.

• Xenium bietet eine größere Arten flexibilität mit benutzer definierten Sonden optionen.

06. Zell segment ierung und räumliche Analyse

Für die Datenanalyse der räumlichen Transkript omik ist eine genaue Zellgrenzens egmentierung entscheidend für die Identifizierung von Zelltypen und die Untersuchung von Zell-Zell-Wechsel wirkungen. Im Vergleich zu Visium HD ermöglichen die neu eingeführten spezial isierten Farbstoff kombinationen von Xenium eine präzise multimodale Zell segment ierung, wodurch die Daten genauigkeit und die räumliche Auflösung verbessert werden.

Fazit

Aus den obigen Vergleichen geht hervor, dass bothVisium HD und Xenium eine hohe Auflösung auf Einzelzellen ebene erreichen und mit FF-und FFPE-Proben kompatibel sind. Diese beiden Plattformen weisen jedoch unterschied liche Unterschiede in ihren Methoden und Anwendungen auf.

In praktischen Anwendungen können Visium HD und Xenium unabhängig oder in Kombination verwendet werden. Für neue Projekte können Forscher zunächst die Abfolge von Zellen und/oder räumlichen Transkript omien verwenden, um interessierende Gene zu identifizieren, und sie dann mit Xenium validieren, um eine höhere Präzision zu erzielen. Wenn Schlüssel gene bereits ident ifi ziert wurden, können die vorgefertigten Sonden tafeln oder maßge schneider ten Sonden von Xenium direkt zur Validierung verwendet werden.

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* Alle Bilder in diesem Artikel stammen aus offiziellen 10x Genomics-Materialien.