2025 Leitfaden für räumliche Transkript omik plattformen: So wählen Sie zwischen Visium, Xenium und Stereo-seq

Da die räumliche Biologie die Life-Science-Forschung weiter verändert, ist die Auswahl der richtigen räumlichen Transkript omik plattform zu einer wichtigen Entscheidung geworden. Unabhängig davon, ob Sie FFPE-Proben analysieren, die sub zelluläre Auflösung priorisieren oder Optionen mit hohem Durchsatz untersuchen, die heutigen kommerziellen Lösungen-von10x GenomikZuBGI-Bieten verschiedene Technologien an, die auf unterschied liche experimentelle Bedürfnisse zuges chnitten sind. In diesem Artikel teilen wir die Stärken und technischen Highlights führender Plattformen auf, um Ihnen zu helfen, die beste Wahl für Ihre Forschung zu treffen.

Plattform vergleich: Top Spatial Transcript omics Technologies

1. 10x Genomik-Visium 1.0

Robust und weit verbreitet für frisch gefrorenes Gewebe

Übersicht:

Visium 1.0 wurde im Jahr 2019 eingeführt und integriert barcodierte Capture-Sonden in rutsch basierte räumliche Arrays. Jeder Objektträger enthält vier Aufnahme bereiche von 6,5 × 6,5mm mit jeweils 5.000 mit Barcodierung spots (55 μm Durchmesser, 100 μm Abstand), was ihn ideal für eine breite Gewebe kompatibilität und morpho logische Validierung macht.

Stärken:

• Unterstützt PolyA-RNA von Tieren und Pflanzen

• Kompatibel mit H & E-Färbung auf dem gleichen Abschnitt

• Arbeitet mit frisch gefrorenen und-80 ° C konservierten Proben

• Bewährt über mehrere Arten: Mensch, Maus,Zebra fisch, Arabi dopsis usw.

Am besten für:

Allzweck-räumliche Transkript omik mit mäßiger Auflösung und flexibler Gewebe eingabe.

2. 10x Genomics - Visium 2.0 / Cyt Assist FFPE

Optimiert für FFPE-Gewebe mit größerem Erfassungs bereich

Übersicht:

Visium 2.0 (Cyt Assist FFPE) baut auf Visium 1.0 mit neu gestalteten Sonden auf, die FFPE-Kompatibilität ermöglichen, ohne dass PolyA-Schwänze erforderlich sind. Ein neuer 11 × 11-mm-Chip erhöht die Spot zahl auf ~ 14.000, während die gleiche Auflösung beibehalten wird.

Stärken:

• Ermöglicht die räumliche Profilierung von archivierten FFPE-Proben

• Keine Permeabilisierung erforderlich-optimierter Workflow

• H & E-Flecken kompatibilität beibehalten

• Kompatibel mit FFPE, frischen und gefrorenen Proben

• Verfügbar für menschliche und Maus gewebe

Am besten für:

Forscher, die mit seltenen, klinischen oder archivierten FFPE-Proben arbeiten.

3. BGI - Stereo-seq

Hoch auflösende Plattform mit Sub micron Spot Abstand

Übersicht:

Stereo-seq bietet räumliche Transkript omik mit außer gewöhnlicher Auflösung unter Verwendung von dichten Spot-Arrays (220 nm Durchmesser, 500 nm Abstand). Es wurde 2022 kommerziell eingeführt und unterstützt sowohl 10 × 10mm-als auch 5 × 5mm-Fang chips unter Verwendung des Poly-dT-RNA-Abfangens.

Stärken:

• Ultra hohe räumliche Auflösung-Annäherung an Einzel zellen ebene

• Breite Arten und Proben verträglich keit (frisch und-80 °C)

• Einstellbare Auflösung für maßge schneiderte Analysen

• Nachgewiesen in Mensch, Maus, Zebra fisch, Arabi dopsis und mehr

Am besten für:

Die Forscher priorisieren feines räumliches Mapping, Auflösung auf Einzel zellen ebene und skalierbare Ausgabe.

4.10x Genomik-Xenium

Gezielte räumliche Profilierung mit Einzelzellen-Präzision

Übersicht:

Xenium bietet hoch auflösende in siTu Gen detektion über Vorhänge schloss sonden technologie. Die Chip größe beträgt 12 × 24mm, wobei Panels den Nachweis von ~ 300 Genen unterstützen (anpassbar bis zu 500). Im Gegensatz zu sequenz ierungs basierten Tools bietet Xenium eine direkte räumliche Bildgebung bei sub zellulärer Auflösung.

Stärken:

• Räumliche Auflösung auf sub zellulärer Ebene

• Kompatibel mit FFPE, frischen und gefrorenen Taschen tüchern

• Zerstörung sfrei: Post-Assay H & E und IHC noch möglich

• Gezielte Panels für Krebs-und Entwicklungs forschung

• Entwickelt für menschliche und Maus-Gewebe

Am besten für:

Benutzer suchen gezielte Gen panels mit ultra hoch auflösender Bildgebung der räumlichen Gen expression.

Letzte Gedanken: Welche Plattform sollten Sie wählen?

In der räumlichen Transkript omik gibt es keine einheitliche Lösung. Jede Plattform bietet einzigartige Stärken, abhängig von Ihren Forschungs prioritäten:

Da sich die räumliche Omics noch in der Wachstums phase befindet, ist es jetzt an der Zeit, neue Technologien zu erforschen und die richtige Plattform an y anzupassenUnsere experimentellen Ziele.

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Kredit:Die in diesem Artikel enthaltenen Geräte illustrationen und Plattform pläne stammen aus offiziellen Materialien, die von bereit gestellt wurden©10x Genomics und©BGI-Genomik.